「古事記」・「日本書紀」には、国産み、神産みに始まるすべての神功を果たした伊弉諾大神が、御子神の天照大御神に国家統治を委譲して、最初に産んだ淡路島の多賀の地に「幽宮(かくりのみや)」を構えて余生を過ごしたと記されている。その神宅の旧跡に伊弉諾大神を祀った御陵が営まれた。これを創祀の起源とする日本最古の神社が伊弉諾神宮である。

　明治初年から同二十年にかけての官費による大造営で、神陵の墳丘を整地して本殿を真上に移築造営し、そのほか拝殿、幣殿、正門、中門などが整備され、現在の景観に整えられた。

　地元では、「いっくさん」と呼ばれ、日之少宮(ひのわかみや)、淡路島神、多賀明神などの別称がある。